ปัจจุบันอำเภอหนองเรือ แบ่งเขตการปกครองเป็น 10 ตำบล ได้แก่ 1.ตำบลหนองเรือ 2.ตำบลโนนทอง 3.ตำบลโนนทัน 4.ตำบลโนนสะอาด 5.ตำบลกุดกว้าง 6.ตำบลบ้านเม็ง 7.ตำบลบ้านกง 8.ตำบลจระเข้ 9.ตำบลยางคำ 10.ตำบลบ้านผือ